Родился 31 января 1981 года в Москве. Получил высшее образование на факультете международной журналистики МГИМО, учился в одном из старейших светских университетов арабского мира – Каирском университете в Гизе.
В течение девяти лет работал военным корреспондентом: освещал войны в Ираке, Палестине и Ливане, делал репортажи из Украины, Узбекистана, Эстонии и Киргизии. Читал лекции по журналистике в МГИМО. С 2010 по 2015 год был главным редактором телеканала «Дождь», в то же время Михаил Зыгарь снял документальные фильмы «Похоронить Сталина» и «Кто здесь власть. Четыре версии расстрела Белого дома» и другие. В 2015 году покинул пост главного редактора «Дождя», чтобы сосредоточиться на личных проектах.
В числе прочих проектов Студия Зыгаря разработала онлайн-игру о СССР «Карта истории» и документальный сериал для смартфонов «1968. Digital». К декабрю 2018 года сериал посмотрели более тридцати миллионов раз, он получил несколько наград, а Михаил Зыгарь удостоился премии «Просветитель-2018» в категории digital. Автор нескольких книг. Внесен Минюстом России в реестр «иностранных агентов»