Родился 23 декабря 1959 года в Московской области. Поступил в МГИМО, но был отчислен после первого курса. Далее работал на комсомольских должностях в ПТУ и на заводе. Спустя два года комсомольская организация отправила Алексашенко для обучения в МГУ. Окончил экономический факультет МГУ в 1986 году.
В годы жизни в СССР и РФ в разное время работал в Центральном экономико-математическом институте, Совете Министров СССР, Союзе промышленников и предпринимателей, Министерстве финансов РФ, Центральном банке РФ, Центре развития, компаниях «Интеррос», «Антанта Капитал», Merrill Lynch, Высшей школе экономики.
В 2013 году уехал из России. В сентябре 2014 года подписал заявление с требованием «прекратить агрессивную авантюру на Украине». В марте 2020 года подписал обращение против принятия поправок к Конституции РФ, предложенных Путиным.
16 июня 2023 года признан Министерством юстиции РФ иностранным агентом, затем МВД России объявило Сергея Алексашенко в розыск.
В настоящее время живет в Вашингтоне. Российский экономист, общественный и государственный деятель, кандидат экономических наук.