Родился в Москве 26 июня 1963 года.
Закончил школу № 1503. Увлекался химией и математикой. В 1981 году Михаил поступил в Московский химико-технологический институт имени Д. И. Менделеева. Параллельно с учёбой в институте работал плотником в жилищно-строительном кооперативе «Эталон», чтобы обеспечивать себя самому. Это не мешало ему хорошо учиться — все годы, проведенные в институте, он был лучшим студентом курса.
Учась в институте, Михаил женился на однокурснице Елене. В 1985 году у них родился сын Павел. В 1986 году окончил с отличием Московский химико-технологический институт им. Д. Менделеева (МХТИ), получив диплом по специальности «инженер-технолог».
Некоторое время он работал освобожденным заместителем секретаря комитета ВЛКСМ МХТИ (секретарем комитета ВЛКСМ МХТИ был в то время ныне известный телеведущий Михаил Марфин). В 1987 году, когда с началом перестройки в СССР были разрешены некоторые формы частного предпринимательства, Ходорковский с товарищами использовали свои комсомольские связи для создания на основе Фонда молодёжной инициативы Межотраслевого центра научно-технического творчества молодежи (НТТМ) при Фрунзенском райкоме ВЛКСМ под эгидой ЦК ВЛКСМ в рамках развития научно-технического творчества молодежи.
Параллельно с деятельностью в НТТМ Ходорковский продолжал учёбу в Институте народного хозяйства им. Г. В. Плеханова.В этом институте Ходорковский познакомился с Алексеем Голубовичем, родственники которого занимали крупные посты в Государственном банке СССР. В 1988 году окончил институт народного хозяйства по специальности «финансист». Благодаря знакомству с Голубовичем НТТМ получил возможность создать кооперативный банк, что и было осуществлено в 1989 году: Фрунзенское отделение Жилсоцбанка СССР и НТТМ учредили КИБ НТП (Коммерческий инновационный банк научно-технического прогресса). В 1990 году КИБ НТП, выкупив у Моссовета НТТМ, переименовался в Межбанковское объединение «МЕНАТЕП» (сокращение от «Межбанковское объединение научно-технического прогресса» или «Межотраслевые научно-технические программы»).
Стараниями Лопухина в марте 1992 года Ходорковский был назначен президентом Фонда содействия инвестициям в топливно-энергетический комплекс с правами заместителя министра топлива и энергетики.Фонд не реализовал ни одного проекта.Во время руководства фондом Ходорковский познакомился с В. С. Черномырдиным, в декабре 1992 года ставшим председателем российского правительства. В 1997—2004 гг. — совладелец и глава нефтяной компании «ЮКОС». Арестован в 2003 году. На момент ареста был одним из богатейших людей в мире.
В 2005 году был признан российским судом виновным в мошенничестве и других преступлениях. Компания «ЮКОС» подверглась процедуре банкротства. В 2010—2011 годах был приговорён по новым обстоятельствам. Уголовное преследование Ходорковского получило противоречивую оценку со стороны российской и международной общественности: одни считают Ходорковского справедливо осуждённым, другие — узником совести, преследуемым по политическим мотивам. «Международная амнистия» присвоила Ходорковскому и его коллеге Платону Лебедеву статус «узников совести». Европейский суд по правам человека в своем решении, вынесенном в 2011 году, усмотрел процедурные нарушения при аресте, предварительном задержании, рассмотрении апелляций Ходорковского. При этом ЕСПЧ счёл, что не были представлены неопровержимые доказательства политической мотивации властей в уголовном преследовании Ходорковского. 24 июля 2012 стало известно, что председатель Верховного суда РФ В.Лебедев возбудил надзорное производство по жалобе Ходорковского.
20.05.2022 внесен Минюстом России в реестр СМИ и физлиц, выполняющих функции иностранного агента
Российский предприниматель, общественный деятель, публицист. 10 лет и 10 месяцев провел в тюремном заключении.